学习小组Day3笔记WQQ

博客 常识 2023-05-06 18:11:18 10 1

wqq,Miniconda 相当于app storeimage.png 1 安装Miniconda(在Ubuntu下) 查看服务器是多少位的:输入命令 uname a wget h...

详情


学习小组Day3笔记WQQ

Miniconda

  • 相当于app store


1 安装Miniconda(在Ubuntu下)

  • 查看服务器是多少位的:输入命令 uname -a

  • wget 下载安装【sh是脚本(就是一个程序,后台的代码)文件的后缀,也就是说其实这是一个下载的脚本,如果你安装失败了,这个脚本是不需要重新下载的,还是可以用的。】

  • “回车”(不是

  • 激活source .bashrc

  • conda deactivate # conda config --set auto_activate_base false


  • 检查安装 conda list

  • 配置镜像文件并查看channel
    conda config --get channels
    conda config --remove channels

成果

2 利用miniconda安装软件

  • conda install 软件名称(ex.cutadapt)软件安装
  • conda update 软件名软件更新
  • 若不确定软件名称,可以先使用搜索: conda search fastqc
  • 安装特定版本软件: ex. conda install bwa=0.7.12
  • conda remove 软件名软件卸载

安装fastqc

  • conda install fastqc -y (我装不了)

  • 这个参考
    1
    2

  • 打开安装包unzip 名.zip

3 卸载conda(应该一般不会卸载吧 😂)

  • rm -rf ~/miniconda3
  • vi ~/bash_profile
  • .condarc 、.conda、 .continuum

4 运行环境

  • conda info --envs查看环境
  • conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y新建环境!
  • conda activate rna-seq激活环境
  • conda deactivate退出环境

wqq